La gare de Fos sur Mer Voyageurs ne doit pas être confondue avec l'immense complexe ferroviaire dédié aux marchandises construit dans les années 70 dans le cadre de l'aménagement de zones industrielles autour de Fos sur Mer. Ce dernier s'embranche sur la ligne Miramas - L'Estaque bien plus au Nord, au niveau de Lavalduc.
La marque des voies destinées à la desserte marchandises reste bien visible bien qu'ayant été déposées ; le soubassement de la halle à marchandises reste visible début 2015, mais il semblerait que les emprises soient prochainement aliénées... Le passage à niveau à l'extrémité Sud de la gare a été remplacé par un passage inférieur pour la route en 1988, la maison de garde barrière a été démolie à ce moment. En sortie Nord de la gare se trouve un passage inférieur.
A quelques centaines de mètres au Nord de la gare de Fos se trouve un autre faisceau de voies, côté Est, sur lequel se greffe un embranchement particulier aujourd'hui à l'abandon (vers l'actuelle usine de tuiles). Ce faisceau était traversé par le passage à niveau N°14, aujourd'hui supprimé, desservant ce qui semble avoir été une carrière. Une maison de garde se trouve au niveau de l'extrémité Nord de ce faisceau.