Les BB 26000 assuraient la traction des trains de jour Cerbère - Metz / Strasbourg (deux tranches couplées jusqu'à Dijon) jusqu'à leur suppression fin 2009. Il arrive aussi qu'elles remorquent des TER Avignon - Perpignan (- Cerbère).
La présence de BB 26000 sur les Intercités ex Téoz est rare, surtout entre Marseille et Bordeaux. Elles sont plus fréquentes sur Marseille - Nice, et dans la vallée du Rhône avec les derniers trains de nuit.
Les BB 26000 sont présentes en service marchandises dans le Sud-Est de la France depuis 1992 / 93, cette activité étant majoritaire encore aujourd'hui. A ce titre, elles roulent sur les lignes des deux rives du Rhône, sur la transversale Sud vers Bordeaux et Cerbère. Elles assuraient aussi la quasi totalité des trains de marchandises sur la ligne de la Côte d'Azur (trains Miramas - Vintimille) jusqu'à l'arrivée des BB 36300 fin 2014, puis des BB 27000.
