La gare de Pernes les Fontaines a longtemps gardé une desserte marchandises grâce à la présence d'une cimenterie et d'un ferrailleur qui a démoli nombre d'engins SNCF, dont des BB Midi et des BB 9400 du dépôt d'Avignon.
Encadrée à chacune de des extrémités par un passage à niveau, la gare comporte une voie d'évitement, une voie desservant la halle à marchandises (rapidement agrandie en supprimant son quai découvert) et une voie de débord ceinturant la cour à marchandises. Côté Orange, les voies franchissent un ruisseau sur un pont à tablier métallique.
Encore en partie pourvues de leurs voies, les larges emprises dédiées aux marchandises restent aujourd'hui bien visibles et les halles à marchandises existent toujours et ont même été rénovées. L'abri de quai et le bâtiment voyageurs sont eux aussi toujours présents.
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