Les BB 20011 et 20012 de 1985 ont enfin réussi à pouvoir tracter aussi bien des trains de marchandises lourds que des rapides à 200 km/h. La SNCF décide alors de commander 88 engins dont 5 autres prototypes reprenant la même appellation "SYBIC" (SYnchrone BICourant), mais avec une caisse totalement nouvelle et moins puissantes (5600 kW) : ce seront les BB 26001 à 5, construites en 1988. Les exemplaires de série apparaîtront entre 1990 et 1998, 176 autres engins étant rapidement commandés.
Après une mise au point laborieuse, les BB 26000 arrivent en masse, tant en service marchandises que voyageurs. Leur arrivée entraine directement ou par décalage la radiation de la plupart des BB 8100, 9400, 12000, 13000, CC 7100 et 14100. Une dernière tranche de 30 machines (26235 à 26265) était prévue, mais a finalement été transformée en l'achat de 30 BB 36000 (1ere tranche, rouges). A noter que les 26086 à 88 ont à leur livraison été équipées d'un système d'unité multiple (UM par multiplexage, permettant aussi la réversibilité avec les voitures V2N avec lesquelles elles devaient initialement circuler) qui n'a finalement pas été utilisé malgré des essais concluants, la puissance de deux engins étant trop importante pour l'alimentation électrique de certaines lignes.
Les BB 26000 sont très rapidement utilisées en tête de trains à 200 km/h, évinçant totalement les CC 6500 du service grandes lignes en 1998. Néanmoins, la répartition du parc entre activités l'année suivante met à mal le concept de "locomotive universelle", la majorité de la série étant cantonnée à la traction de trains de marchandises. Progressivement, afin de mieux coller avec l'utilisation réelle de la série, davantage d'engins sont affectées à la division "Grandes Lignes", et aussi TER, permettant le remplacement de séries plus anciennes.
Avec l'apparition des voitures pilotes Corail B5uxh pouvant être utilisées à 200 km/h, un lot de 14 locomotives (26140 à 26153) est transformé en 2007 - 2008 pour le TER 200 Alsace (un projet similaire avait été évoqué pour la région Centre, mais a été annulé à cause de problèmes de captage sous 1500 V nécessitant la mise au point d'un nouveau pantographe). Les cabines de conduites reçoivent la climatisation, et le pantographe 25000 V est d'un nouveau modèle. Le reste de la série est visible sur la plupart du réseau électrifié français, aussi bien avec des trains de marchandises que des TER ou des trains grandes lignes.
A partir de 2009, certaines BB 26000 bénéficient d'une opération mi vie dite "OPMV". Elle se compose principalement d'une "Opération Caisse" (OC) où sont effectués des travaux de chaudronnerie (en particulier, réfection des bas de caisse très souvent corrodés voire percés) suivis d'une remise en peinture (normalement la première). En parallèle, les autres équipements (dont l'électronique de puissance) subissent une grande révision, qui prend moins de temps que l'OC. Afin de pouvoir remettre en service plus rapidement l'engin, vu qu'il y a une caisse de réserve de disponible (suite à une radiation pour cause d'incendie), il a été décidé de réaliser des permutations : les composants sont remontés dans une autre caisse, qui change de numéro à cette occasion... Cette pratique, contraire à ce qui se faisait à la SNCF jusqu'à présent (les numéros étaient rattachés à une caisse), compliquera considérablement le suivi de la carrière des engins vu que les numéros d'origine seront réattribués à d'autres caisses.
Fin 2014, alors qu'une partie du parc Fret est déjà garé sans utilisation, les réformes de ce matériel pourtant récent, fiable et performant ont commencé, avec deux machines radiées car devant passer en opération périodique mi vie (OPMV). D'autres engins furent ensuite radiés, le cap de la vingtaine de réformes étant franchi dès mi 2016. Les OPMV ne concernent qu'une partie du parc "voyageur" avec adoption de la livrée "carmillon", et Fret SNCF avec adoption de la livre uniformément grise aussi surnommée "fantôme".
2019 marqua un nouveau tournant pour la série, avec d'une part la transformation d'engins supplémentaires pour fonctionner en réversibilité sur les TER Grand Est ex Vallée de la Marne, et d'autre part avec le début des radiations pour la dernière sous-série (26188 à 26324, équipées d'un troisième phare) qui ne bénéficiera pas de passage en OPMV.
Année | 1988 | 1989 | 1990 | 1991 | 1992 | 1993 | 1994 | 1995 | 1996 | 1997 | 1998 |
Mises en service | 5 | 2 | 26 | 33 | 41 | 34 | 30 | 20 | 24 | 13 | 6 |
Parc total en fin d'année | 5 | 7 | 33 | 66 | 107 | 141 | 171 | 191 | 215 | 228 | 234 |
Toutes les BB 26000 ont été fabriquées avec la livrée "béton" et n'ont normalement toujours pas été repeintes avant la fin des années 2000 (sauf après un accident) ; à partir de la 26188, elles sont équipées d'un troisième phare suite à la modification de la règlementation (éviter toute confusion avec les véhicules routiers ; jusqu'alors seuls les matériels roulant sur ligne à grande vitesse ou à l'étranger en étaient équipés). Avec l'apparition du logo "casquette " en 1995, toujours situé à droite, les marquages des machines déjà livrées ont été modifiés (ce fut la seule série à être ainsi traitée). A noter qu'initialement les optiques étaient protégées par une plaque de plastique transparent qui a souvent été déposée.
En 1993, dans le cadre du tournage d'une publicité, la 26070 a reçu une livrée "TER 200 Alsace" grise avec des faces avant rouges et un fin bandeau quadricolore, assortie aux voitures Corail rénovées pour cette desserte.
La livrée "Multiservices" aussi appelée "Corail +" (avec un bandeau blanc) reprend la même disposition de couleurs et a concerné quatre machines : 26014, 26048, 26160 et 26227.
La livrée verte Fret SNCF, elle, a été revêtue par les 26086, 26096, 26184 et 26192 repeintes suite à accident, puis tardivement la 26063 à son passage en OPMV.
La livrée "en voyage "est apparue à partir de 2003 sur les 26001, 26005, 26008, 26163 et 26164.
Cette livrée est adoptée par les engins des activités Voyageurs passant en OPMV ; la BB 26046 fut la première traitée.
La livrée grise a concerné à la fois des engins "voyageurs" passés en OPV avant que la livrée "carmillon" ne soit définie, puis le lot d'engins Fret bénéficiant d'une OPMV, à l'exception de la BB 26063.