Destinées aux futurs RER A ("Métro régional de sa création en 1969 jusqu'à 1977) et B (ligne de Sceaux ex SNCF jusque là exploitée avec du matériel des années 30), ces rames ont été commandées en 1961, d'où le nom de MS 61 pour "Matériel Suburbain 1961". Alimentées uniquement en 1500 V continu et dotées de trois caisses, elles diffèrent du matériel SNCF équivalent construit à la même époque (Z 5100 et 5300) : il y a deux motrices encadrant une remorque, gage de très bonnes accélérations (1 m/s² de 0 à 40 km/h en charge normale).
Ce matériel a été livré en plusieurs sous séries :
En 1983, les MS 61 furent retirées de la ligne de Sceaux peu après sa transformation en RER B (1977) suite à son prolongement jusqu'à Paris Nord nécessitant l'utilisation d'engins bicourant MI 79 (Z 8100). Dès lors, ces automotrices sont utilisées exclusivement sur la ligne A. L'arrivée des rames MI 84 permit une rénovation du parc MS 61 entre 1985 et 1992 avec apposition d'une livrée "Ile de France" blanche à large bandeau bleu et portes et faces frontales rouges. En outre, certains éléments de la chaine de traction comme les moteurs bénéficient d'une remise à neuf salutaire, le nombre de pannes ayant fortement augmenté.
En septembre 1999, la première classe a été supprimée sans que le matériel ne soit modifié ; l'apparition des rames MI 2N à la même époque permet de détendre leur utilisation et surtout d'offrir davantage de capacité alors que le RER A est une des lignes les plus chargées d'Europe.
A partir de 2003, quelques rames en mauvais état ont été réformées, grâce à la livraison d'une tranche supplémentaire de MI 2N. De 2006 à 2008 a eu lieu une seconde rénovation pour 101 rames avec pose d'une nouvelle face avant, nouvelles fenêtres et nouveaux aménagements intérieurs ; les autres sont radiées sauf une (Patrimoine RATP) qui n'est plus utilisée en service commercial.
Avec l'arrivée des MI 09, le glas sonne pour les MS 61, deux nouvelles rames en remplaçant trois anciennes. Les MS 61 ont donc commencé à être radiées en 2012, les dernières devraient disparaitre en 2017.