Originellement, la quasi totalité des gares comportaient des installations destinées au trafic marchandises local. Au fil du temps, nombre de ces installations ont été désaffectées, victimes de la concurrence routière, si bien que subsistaient seulement au milieu des années 2000 les établissements suivants ouverts à la desserte Fret SNCF :
| Gare | Numéro | Plateforme | Etat |
| Aigues Mortes | 775858 | plateforme d'Avignon | |
| Aigues Vives | 775122 | plateforme d'Avignon | fermée le 02/11/2009 |
| Alès | 775288 | plateforme d'Avignon | |
| Aramon | 765883 | plateforme de Nîmes | fermée le 01/03/2008 |
| Bagnols sur Cèze | 764571 | plateforme d'Avignon | fermée le 01/07/2006 |
| Beaucaire Marchandises | 775031 | plateforme d'Avignon | |
| La Grand Combe la Pise | 775254 | plateforme d'Avignon | fermée au 01/03/2008 |
| L'Ardoise | 764613 | plateforme d'Avignon | |
| Malbosc | 775262 | plateforme d'Avignon | fermée au 01/03/2008 |
| Meynes-Montfrin | 775635 | plateforme de Remoulins Pont du Gard | fermée au 01/07/2006 |
| Nîmes Est (Grézan & Courbessac) | 775007 | plateforme d'Avignon | |
| Remoulins Pont du Gard | 775395 | plateforme d'Avignon | |
| St Ambroix | 775536 | plateforme de Nîmes | fermée au 01/07/2006 |
| St Césaire (Nîmes Ouest) | 775072 | plateforme d'Avignon | |
| St Gervasy - Bezouce | 775411 | plateforme de Remoulins Pont du Gard | fermée au 01/07/2006 |
| St Gilles | 775882 | plateforme d'Avignon | fermée au 03/10/2011 |
| Salindres | 775551 | plateforme d'Avignon | |
| Sernhac | 775627 | plateforme de Remoulins Pont du Gard | fermée au 01/07/2006 |
| Tamaris | 775270 | plateforme de Nîmes | fermée au 01/07/2006 |
| Uzès | 775601 | plateforme de Remoulins Pont du Gard | fermée au 01/07/2006 |
| Vauvert | 775817 | plateforme d'Avignon | |
| Vergèze Codognan (EP Perrier) | 775114 | plateforme d'Avignon |
Fin 2011, seules dix gares restaient théoriquement ouvertes à la desserte marchandises par Fret SNCF, contre 22 début 2006... A cette époque, les dessertes s'effectuaient à partir de trois "plateformes" : Nîmes, Avignon, et Remoulins, jouant le rôle d'intermédiaire avec les gares de triage. Actuellement, tout le trafic vers le Gard et la partie Est de l'Hérault (jusqu'à Montpellier et Sète) a été regroupé sur celle d'Avignon, celle-ci se partageant avec celle de Perpignan l'intégralité de la région Languedoc-Roussillon.
En pratique, le trafic est très faible, les principales sources potentielles de trafic (dont l'existence réelle reste à confirmer...) se trouvant à Salindres (industrie chimique), Aigues Mortes (salins), Aramon, L'Ardoise et Vers Pont du Gard (usine de traverses béton pour la SNCF, mais où existe aussi une desserte routière). Sur Nîmes, les zones industrielles de Grézan et St Césaire ne semble pas émettre ou recevoir de wagons, exceptés les trains militaires. Quant à l'EP Perrier de Vergèze, il est déserté depuis plusieurs années, la source utilisant maintenant la voie routière alors qu'auparavant jusqu'à trois trains d'eau étaient expédiés chaque jour, mais le retour de la desserte ferroviaire pourrait avoir lieu grâce à un opérateur privé...
En Lozère, seule la gare de St Chély d'Apcher, située sur la ligne des Causses et desservie via Clermont-Ferrand, reste ouverte mais un "projet de transfert sur route" est étudié pour 2014 - 2015 ; les autres gares ont fermé entre 2006 et 2009 : il n'y a donc plus de train de desserte marchandises fréquentant la ligne des Cévennes, malgré l'enclavement routier...